借款合同纠纷的处理方式有以下四种：一是用协商的方式，自行解决，这是最好的方式；二是用调解的方式，由有关部门帮助解决；三是用仲裁的方式由仲裁机关解决；四是用诉讼的方式，即向人民法院提起诉讼以寻求纠纷的解决。
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1、协商。金融合同当事人双方可以通过和平协商的方式来解决借款合同的纠纷；
2、仲裁。双方无法达成一致意见的，可以向用人单位所在地的仲裁机构提交仲裁申请；
3、诉讼。金融合同一方当事人对仲裁结果不服的，可以向管辖区法院的提起诉讼。法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。